GeoBusiness Nederland heeft 4 Commissies, 2 Special Interest Groups (SIG) en 3 Programma's, waarin groepen van bedrijven acties ondernemen rondom een specifiek gezamenlijk onderwerp of belang. Op deze manier geeft de vereniging uitvoering aan de acties vanuit de Lobbyagenda.

Deze werkgroepen worden vormgegeven door de leden van GeoBusiness Nederland en hebben in ieder geval één deelnemer vanuit het bestuur van de vereniging. Op die manier is de link met het bestuur gewaarborgd. De Commissies en SIG's hebben een voorzitter die vanuit de werkgroepen wordt gekozen. De werkgroepen vergaderen vier keer per jaar en in sommige gevallen organiseren zij ook nog speciale bijeenkomsten. De voorzitters van de Commissie's en SIG's hebben tweemaal per jaar een formeel overleg met het voltallige bestuur. 

Sinds januari 2014 kent de vereniging ook Programma's. Programma's worden opgezet rondom een actueel thema of speciaal onderwerp. Dit kunnen onderwerpen zijn vanuit het geo-werkveld, maar kunnen ook maatschappelijke thema's of onderwerpen uit andere sectoren zijn. Het doel van de Programma's is om rondom de gekozen onderwerpen en thema's informatie te delen tussen de leden onderling, maar ook om in dialoog te gaan met de partners uit de overheid, onderzoek- en wetenschap en andere sectoren. Momenteel zijn er twee Programma's rondom een acuteel onderwerp: BIM en 3D en de Omgevingswet. Er is ook nog een speciaal Programma: GeoSamen. Via dit Programma geeft de vereniging vanuit het geo-bedrijfsleven ondersteuning aan het invullen en uitvoeren van de gemeenschappelijke visie en activiteitenkalender 'GeoSamen'  - een samenwerking tussen overheid, bedrijfsleven en wetenschap.

Het bureau van GeoBusiness Nederland faciliteert de Commissies, SIG's en Programma's.